NGS分析

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测序数据分析全流程实战：RNA-seq、WGCNA、GWAS、Ribo-seq、群体遗传与比较基因组学的完整记录。

2026

从一个 CDS 边界问题看基因组注释格式的差异：GTF、GFF3、BED 与 genePred 的一些记录

整理 Ribo-seq 建库常用的去接头序列及其文献来源，覆盖多种常用试剂体系，方便实验前快速查阅比对。

使用 vcftools/plink 计算群体遗传多样性指标（π、Fst、Tajima's D），并结合 R 进行基因组区域可视化。

WGCNA 基本概念、适用场景、注意事项，以及完整的 R 代码实现，涵盖数据准备、软阈值选择、模块识别和表型关联。

使用 JCVI (MCscan Python 版) 进行基因组间共线性分析，包括数据准备、pairwise synteny 检测和多物种共线性图绘制的完整流程。

完整记录 RNA-seq 数据分析的标准流程，包括质控、比对、定量和差异表达分析。

从 SNP 数据下载到 GWAS 关联分析的全流程，涵盖 PLINK 质控、GEMMA/EMMAX 混合线性模型，以及 TWAS 分析的 Python 自动化脚本。

汇总 8 种主流 Ribo-seq ORF 预测工具的原理、用法和 Snakemake 集成代码，附工具对比表格和选型建议。