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生物信息学分析、流程工具开发以及科研进展的个人学习记录。

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开源项目

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个人简介

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程   宇

生物信息学研究工作者,NGS数据分析与流程工具开发

个人经历

2025.7 – 至今

博士后

中山大学 - 生命科学学院

2020 – 2025

博士学位(生物学)

中山大学 - 生命科学学院

2016 – 2020

学士学位(生物技术)

深圳大学 - 生命与海洋科学学院

专业技能

转录组分析

Bulk/Single cell RNA-seq 分析, lncRNA、sRNA 等非编码 RNA 鉴定、表达与功能分析。

翻译组分析

Ribo-seq、蛋白质组学数据分析及非经典翻译 ORF 的鉴定与功能分析

表观组分析

ChIP-seq/Cut&Tag/ATAC-seq/HiC 组学分析。

基因组分析

GWAS, 群体进化与比较基因组学分析。

数据可视化&工具开发

R ggplot2, Python 科研绘图; Python/R/Bash CLI 工具, Snakemake 流程搭建。

基础技能

Agentic Coding/AI 辅助编程开发, Linux HPC 服务器管理使用等。

研究兴趣方向

1
植物非编码 RNA 功能相关的生物信息学分析

关注植物非编码 RNA 的表达特征、序列保守性、分子互作关系及其潜在功能机制解析。

2
非经典翻译及编码微肽的鉴定与功能分析

主要围绕非经典翻译事件识别、微肽编码潜能评估、功能注释及其生物学意义开展分析研究。

3
生物信息学分析流程、工具与数据库开发

致力于开发高效、可复用的生物信息学分析流程、计算工具和数据资源平台,以支持多组学数据整合分析与功能挖掘。

发表论文

1

Noncanonical open reading frames from lncRNAs encode functional micropeptides that help shape agronomic traits in rice

Cheng, Yu#; He, Rui-Rui#; Jiang, Jie; Yang, Lu; Yuan, Chao; Qin, Yi-Chao; Zhao, Wen-Long; Mo, Wan-Ting; Liao, Yu-Hong; Chen, Zheng-Tong; Feng, Jun-Jie; Pang, Hui-Yin; Cheng, Ye; Lei, Meng-Qi; Zhou, Yan-Fei; Lian, Jian-Ping; Zhang, Yu-Chan; Chen, Yue-Qin*

Developmental Cell. 2026; 61(4), 919-935.e6

2

The XSER1 lncRNA acts as an enhancer RNA and confers resistance to pathogens by promoting chromatin loop formation in rice

Yuan, Chao#; Jiang, Jie#; Cheng, Yu; Lian, Jian-Ping; Liao, Yu-Hong; Yu, Yang; Zhao, Wen-Long; Mo, Wan-Ting; Yang, Jia-Biao; Qin, Yi-Chao; Chen, Zheng-Tong; Yang, Lu; Lei, Meng-Qi; Zhang, Yu-Chan; He, Rui-Rui*; Zhou, Yan-Fei*; Chen, Yue-Qin*

Molecular Cell. 2026; 86(6), 998-1014.e6

3

Gene Editing of a Susceptibility LncRNA Enhances Broad-Spectrum Disease Resistance in Rice without Developmental Trade-Offs

Zhao, Wen-long#; Cheng, Ye; Huang, Jia-hui; Feng, Jun-jie; Pang, Hui-yin; Qin, Yi-chao; Chen, Zheng-tong; Cheng, Yu; Lian, Jian-ping; Zhou, Yan-fei; He, Rui-rui; Lei, Meng-qi; Cao, Zi-qin; Yang, Lu; Yuan, Chao; Jiang, Jie; Chen, Yue-qin; Zhang, Yu-chan*

Advanced Science. 2025; 12(47), e05671

4

Long noncoding RNAs as molecular architects: Shaping plant functions and physiological plasticity

Zhang, Yu-Chan#; He, Re-Qing#; Cheng, Yu#; Wang, Dong*; Ariel, Federico*; Chen, Yue-Qin*

Molecular Plant. 2025; 18(10), 1643-1671

5

The long noncoding RNA VIVIpary promotes seed dormancy release and pre-harvest sprouting through chromatin remodeling in rice

Yang, Lu#; Cheng, Yu#; Yuan, Chao; Zhou, Yan-Fei; Huang, Qiao-Juan; Zhao, Wen-Long; He, Rui-Rui; Jiang, Jie; Qin, Yi-Chao; Chen, Zheng-Tong; Zhang, Yu-Chan; Lei, Meng-Qi*; Lian, Jian-Ping*; Chen, Yue-Qin*

Molecular Plant. 2025; 18(6), 978-994

6

The long noncoding RNA ALEX1 confers a functional phase state of ARF3 to enhance rice resistance to bacterial pathogens

Lei, Meng-Qi#; He, Rui-Rui#; Zhou, Yan-Fei#; Yang, Lu; Yuan, Chao; Zhao, Wen-Long; Cheng, Yu; Lian, Jian-Ping; Zhang, Yu-Chan; Wang, Wen-Tao; Yu, Yang*; Chen, Yue-Qin*

Molecular Plant. 2025; 18(1), 114-129

7

Genome-wide analysis and functional annotation of chromatin-enriched noncoding RNAs in rice during somatic cell regeneration

Zhang, Yu-Chan#; Zhou, Yan-Fei#; Cheng, Yu#; Huang, Jia-Hui; Lian, Jian-Ping; Yang, Lu; He, Rui-Rui; Lei, Meng-Qi; Liu, Yu-Wei; Yuan, Chao; Zhao, Wen-Long; Xiao, Shi; Chen, Yue-Qin*

Genome Biology. 2022; 23(1), 28

8

The parent-of-origin lncRNA MISSEN regulates rice endosperm development

Zhou, Yan-Fei#; Zhang, Yu-Chan#; Sun, Yu-Meng#; Yu, Yang; Lei, Meng-Qi; Yang, Yu-Wei; Lian, Jian-Ping; Feng, Yan-Zhao; Zhang, Zhi; Yang, Lu; He, Rui-Rui; Huang, Jia-Hui; Cheng, Yu; Liu, Yu-Wei; Chen, Yue-Qin*

Nature Communications. 2021; 12(1), 6525

9

Ubiquitin-dependent Argonaute protein MEL1 degradation is essential for rice sporogenesis and phasiRNA target regulation

Lian, Jian-Ping#; Yang, Yu-Wei#; He, Rui-Rui; Yang, Lu; Zhou, Yan-Fei; Lei, Meng-Qi; Zhang, Zhi; Huang, Jia-Hui; Cheng, Yu; Liu, Yu-Wei; Zhang, Yu-Chan*; Chen, Yue-Qin*

The Plant Cell. 2021; 33(8), 2685-2700

((# co-first author, * corresponding author))